Si, puedes poner una batería que tenga más potencia acumulada, manteniendo el mismo voltaje (36 V), lo que te dará una notable mejora en el tiempo que tarda en descargarse. El valor mAH indica la intensidad de corriente acumulada (como el volumen del depósito), con lo que puedes instalar otra batería con más capacidad sin problema.
La potencia instantánea que puede descargar la batería también aumenta, pero en este caso estás limitado por la controladora, y si no modificas la controladora, apenas notarás la mejora en velocidad instantánea; salvo en que aumenta la autonomía del patinete con una batería de alta densidad energética.
Lo que no te recomiendo son las baterías de AliExpress. Son baratas, pero fallan bastante y no tienen la intensidad de corriente que ofrecen.